Import des données SINP-PACA pour GeoNature et l'Atlas

• Suivre les étapes de mise à jour d'une installation de GeoNature, au niveau de l'intervention sur "db-srv" suivre ceci:
  • Sur l'instance "db-srv" connecté en tant que "geonat", suivre les étapes suivantes
  • Mettre à true le paramètre drop_apps_db du fichier ~/geonature/config/settings.ini.
  • Se placer dans le dossier ~/geonature/install/ avec la commande : cd ~/geonature/install/
  • Lancer une session détachable car la manipulation peut être longue et une perte de connexion SSH possible : screen -S install-db
    • Voir la documentation générale concernant les commandes à utiliser avec Screen pour quitter puis se reconnecter à une session.
  • Lancer le script d'installation de la base de données de GeoNature : ./install_db.sh
  • Vérifier l’absence d'erreurs de l'installation dans le fichier ~/geonature/var/log/install_db.log
  • ATTENTION : remettre à false le paramètre drop_apps_db du fichier ~/geonature/config/settings.ini !

• En local, sur votre machine, récupérer le dépôt Github "sinp-paca-data" : git clone git@github.com:cbn-alpin/sinp-paca-data.git
• Suivre les éventuelles étapes indiquées dans les fichiers README.md (CBNA), README.md (CBNMED) et README.md (CEN-PACA)
• ATTENTION : sur le serveur, sauvegarder le dossier "data" : voir ci-dessous
• Se placer à la racine du dossier sinp-paca-data
• Transférer les scripts : rsync -av --copy-unsafe-links --exclude var --exclude .git --exclude .gitattributes --exclude .gitmodules --exclude .editorconfig --exclude .vscode --exclude .gitignore --exclude settings.ini --exclude "data/raw/*" --exclude venv --exclude .venv --exclude "import-parser/data/*" ./ geonat@db-paca-sinp:~/data/ --dry-run
  • Supprimer l'option --dry-run si tout semble ok pour effectuer le transfert réel
• Se connecter au serveur
  • Créer les fichiers settings.ini à partir des fichiers settings.sample.ini pour : area, cbna-cbnmed, cenpaca et shared
  • Préparer l'environnement du script import-parser en suivant les indications du fichier README.md (import-parser)
    • Notes : il est nécessaire de redonner les droits d'execution à GCC pour tout le monde si l'on veut pouvoir installer correctement le venv avec sudo chmod o+x /usr/bin/gcc. Une fois l'installation terminée, retirer les à nouveau avec chmod o-x /usr/bin/gcc .
• Notes : les données brutes nécessaires aux scripts sont automatiquement téléchargées depuis Dropbox

• Se connecter à l'utilisateur "admin" sur le serveur : ssh geonat@db-paca-sinp
• Créer le dossier de sauvegarde : mkdir -p backups/data
• Sauvegarder le dossier "data" : mv data backups/data/$(date +%F)
• Recréer le dossier "data" vide : mkdir data

• Il est nécessaire d'ajouter les colonnes : id_nomenclature_sensitivity et id_nomenclature_diffusion_level
• Nous gardons dans la vue uniquement les colonnes exportées.
• Vue gn_synthese.v_synthese_for_export :

  CREATE OR REPLACE VIEW gn_synthese.v_synthese_for_export
  AS SELECT s.id_synthese,
      s.unique_id_sinp AS uuid_perm_sinp,
      s.unique_id_sinp_grp AS uuid_perm_grp_sinp,
      af.acquisition_framework_name AS ca_nom,
      d.id_dataset AS jdd_id,
      d.unique_dataset_id AS jdd_uuid,
      d.dataset_name AS jdd_nom,
      n21.label_default AS niveau_validation,
      s.validator AS validateur,
      s.observers AS observateurs,
      t.cd_ref,
      t.nom_valide,
      s.count_min AS nombre_min,
      s.count_max AS nombre_max,
      s.date_min::DATE AS date_debut,
      s.date_max::DATE AS date_fin,
      st_asgeojson(s.the_geom_4326) AS geojson_4326,
      st_asgeojson(s.the_geom_local) AS geojson_local,
      s."precision" AS precision_geographique,
      n9.label_default AS niveau_precision_diffusion,
      s.id_digitiser,
      s.id_nomenclature_sensitivity,
      s.id_nomenclature_diffusion_level
  FROM gn_synthese.synthese s
       JOIN taxonomie.taxref t ON t.cd_nom = s.cd_nom
       JOIN gn_meta.t_datasets d ON d.id_dataset = s.id_dataset
       JOIN gn_meta.t_acquisition_frameworks af ON d.id_acquisition_framework = af.id_acquisition_framework
       LEFT JOIN ref_nomenclatures.t_nomenclatures n9 ON s.id_nomenclature_diffusion_level = n9.id_nomenclature
       LEFT JOIN ref_nomenclatures.t_nomenclatures n21 ON s.id_nomenclature_valid_status = n21.id_nomenclature ;

• Vue gn_synthese.v_synthese_taxon_for_export_view :

  CREATE OR REPLACE VIEW gn_synthese.v_synthese_taxon_for_export_view
  AS WITH s AS (SELECT DISTINCT cd_nom FROM gn_synthese.synthese ) 
  	SELECT 
  		REF.nom_valide,
  		REF.cd_ref,
  		REF.nom_vern,
  		REF.group1_inpn,
  		REF.group2_inpn,
  		REF.regne,
  		REF.phylum,
  		REF.classe,
  		REF.ordre,
  		REF.famille,
  		REF.id_rang
  	FROM s
  		JOIN taxonomie.taxref t ON s.cd_nom = t.cd_nom
  		JOIN taxonomie.taxref REF ON t.cd_ref = REF.cd_nom;

Il est nécessaire d'ajouter dans le référentiel géographique de GeoNature le contour du territoire du SINP. Pour ce faire, nous allons utiliser le script area du dépôt "data" :

• Se connecter au serveur "db" en tant qu'admin : ssh geonat@db-paca-sinp
• Se placer dans le dossier ~/data/area/ de l'utilisateur geonat : cd ~/data/area
• Créer le fichier de configuration : cp config/settings.sample.ini config/settings.ini
• Modifier le fichier settings.ini en fonction de l'installation locale : vi config/settings.ini
• Lancer une session détachable : screen -S import-area
  • Voir la documentation générale concernant les commandes à utiliser avec Screen pour quitter puis se reconnecter à une session.
• Lancer le script : cd bin/ ; ./initialize.sh -v
  • Temps approximatif d'exécution : ~3h
• Vérifier l’absence d'erreurs dans le fichier de log : vi ../var/log/$(date +'%F')_imports.log
• Vérifier le contenu de la base de données, par exemple le nombre de communes :

  SELECT COUNT(*) 
  FROM ref_geo.l_areas AS la
  	JOIN ref_geo.bib_areas_types AS bat 
  		ON (la.id_type = bat.id_type)
  WHERE type_code = 'COM';

• Corriger les droits de certaines tables attribuée postgres :
  • Se connecter à psql : sudo -u postgres psql
  • Sélectionner la base geonature2db avec : \c geonature2db
  • Exécuter les requêtes suivantes :

    ALTER TABLE taxonomie.taxref_bdc_statut OWNER TO geonatadmin;
    ALTER TABLE taxonomie.taxref_bdc_statut_type OWNER TO geonatadmin;

  • Quitter psql avec : \q
• Ajout d'un index sur le champs observers de la table gn_synthese.synthese :

  CREATE INDEX i_synthese_observers ON gn_synthese.synthese USING btree (observers)

• Se connecter au serveur "db" en tant qu'admin : ssh geonat@db-paca-sinp
• Se placer dans le dossier ~/data/cenpaca/ de l'utilisateur geonat : cd ~/data/cenpaca
• Créer le fichier de configuration : cp config/settings.sample.ini config/settings.ini
• Modifier le fichier settings.ini en fonction de l'installation locale : vi config/settings.ini
• Lancer une session détachable : screen -S import-cenpaca
  • Voir la documentation générale concernant les commandes à utiliser avec Screen pour quitter puis se reconnecter à une session.
• Lancer le script : cd bin/ ; ./import_initial.sh -v
  • Temps approximatif d'exécution : ~2h20
• Vérifier l’absence d'erreurs dans la session et vérifier le contenu de la base de données

• Se connecter au serveur "db" en tant qu'admin : ssh geonat@db-paca-sinp
• Se placer dans le dossier ~/data/cbna-cbnmed/ de l'utilisateur geonat : cd ~/data/cbna-cbnmed
• Créer le fichier de configuration : cp config/settings.sample.ini config/settings.ini
• Modifier le fichier settings.ini en fonction de l'installation locale : vi config/settings.ini
• Lancer une session détachable : screen -S import-cbna-cbnmed
  • Voir la documentation générale concernant les commandes à utiliser avec Screen pour quitter puis se reconnecter à une session.
• Lancer le script : cd bin/ ; ./import_initial.sh -v
  • Temps approximatif d'exécution : ~1h45
• Vérifier l’absence d'erreurs dans la session et vérifier le contenu de la base de données

Suivre la démarche décrite dans la documentation de gestion des serveurs.

• Ressources : https://github.com/PnX-SI/GeoNature-atlas/blob/master/docs/vues_materialisees_maj.rst
• Au préalable, ajouter une authentification HTTP au site nature.silene.eu, le temps des tests avant mise en prod.
• Suivre la démarche décrite dans la documentation de gestion des serveurs

• Via UsersHub, changer le nom du groupe "Grp_en_poste" pour "Grp_utilisateurs"
• Via GeoNature, module "Admin" > "Permissions", modifier les permissions par défaut comme suit :
  • Pour le groupe "Grp_Utilisateurs"
    • Pour le module "GeoNature" :
      • Lire les données ⇒ Appartenance : "De tout le monde"
      • Exporter les données ⇒ Appartenance : "De tout le monde"
    • Pour le module "Métadonnées" :
      • Lire les données ⇒ Appartenance : "De tout le monde"
    • Pour le module "Synthese (= Observations)" :
      • Lire les données ⇒ Appartenance : "De tout le monde" & Précision : "Floutée"
      • Exporter les données ⇒ Appartenance : "De tout le monde" & Précision : "Floutée"
  • Pour le groupe "Grp_admins" :
    • Pour le module "Synthese (= Observations)" :
      • Lire les données ⇒ Précision : "Exacte"
      • Exporter les données ⇒ Précision : "Exacte"