Import des données de test

Récupération du dépôt "data"

En local, sur votre machine, récupérer le dépôt Github "sinp-paca-data" : git clone git@github.com:cbn-alpin/sinp-paca-data.git
Suivre les éventuelles étapes indiquées dans les fichiers README.md (CBNA) et README.md (CEN-PACA)
Sur le serveur, sauvegarder le dossier "data" : voir ci-dessous
Se placer à la racine du dossier sinp-paca-data
Transférer les scripts : rsync -av --copy-unsafe-links --exclude var --exclude .git --exclude .editorconfig --exclude .vscode --exclude .gitignore --exclude settings.ini --exclude "data/raw/*" --exclude venv ./ geonat@db-paca-sinp:~/data/ --dry-run
- Supprimer l'option --dry-run si tout semble ok pour effectuer le transfert réel
Se connecter au serveur
- Créer les fichiers settings.ini à partir des fichiers settings.sample.ini pour : cbna, cenpaca et shared
- Préparer l'environnement du script import-parser en suivant les indications du fichier README.md (import-parser)
  - Notes : il est nécessaire de redonner les droits d'execution à GCC pour tout le monde si l'on veut pouvoir installer correctement le venv avec sudo chmod o+x /usr/bin/gcc. Une fois l'installation terminée, retirer les à nouveau avec chmod o-x /usr/bin/gcc .
Notes : les données brutes nécessaires aux scripts sont automatiquement téléchargées depuis Dropbox

Sauvegarde du dossier "data"

Se connecter à l'utilisateur "admin" sur le serveur : ssh geonat@db-paca-sinp
Créer le dossier de sauvegarde : mkdir -p backups/data
Sauvegarder le dossier "data" : mv data backups/data/$(date +%F)
Recréer le dossier "data" vide : mkdir data

Exécution du script d'import dans GeoNature module Synthèse

Se connecter au serveur "db" en tant qu'admin : ssh geonat@db-paca-sinp
Se placer dans le dossier ~/data/cbna/ de l'utilisateur geonat : cd ~/data/cbna
Créer le fichier de configuration : cp config/settings.sample.ini config/settings.ini
Modifier le fichier settings.ini en fonction de l'installation locale : vi config/settings.ini
Nettoyer le dossier data/raw/ si nécessaire : cd ~/data/cbna/data/raw/ ; rm -f *.{csv,ini}
Lancer une session détachable : screen -S import-cbna
- Voir la documentation générale concernant les commandes à utiliser avec Screen pour quitter puis se reconnecter à une session.
Lancer le script : cd bin/ ; ./import_initial.sh -v
Vérifier l’absence d'erreurs dans la session et vérifier le contenu de la base de données

Mise à jour des données GeoNature Atlas

Ressources : https://github.com/PnX-SI/GeoNature-atlas/blob/master/docs/vues_materialisees_maj.rst
Au préalable, ajouter une authentification HTTP au site nature.silene.eu, le temps des tests avant mise en prod.
Se connecter au serveur : ssh admin@<sinp-db>
Lancer une session détachable : screen -S import-cbna
- Voir la documentation générale concernant les commandes à utiliser avec Screen pour quitter puis se reconnecter à une session.
Lancer la commande : psql
- Sélectionner la base de l'atlas : \c gnatlas
- Exécuter les requête suivante suivant le besoin
  - Pour mettre à jour uniquement les données d'observation (table synthese) : SELECT atlas.refresh_materialized_view_data() ;
  - Si le territoire du SINP à changé et qu'il faut remettre à jour le référentiel géographique : SELECT atlas.refresh_materialized_view_ref_geo()

Exécution du script d'import des images de l'INPN

Se connecter sur le serveur : ssh geonat@sinp-<region>-web
Se placer dans le dossier du script dans TaxHub : cd ~/www/taxhub/data/scripts/import_inpn_media
Créer un environnement virtuel : python3 -m venv venv
Activer l'environnement virtuel : source venv/bin/activate
Redonner les droits d’exécution à GCC pour tout le monde si l'on veut pouvoir installer correctement les paquets Python dans le venv : sudo chmod o+x /usr/bin/gcc
Installer les paquets suivant : pip install psycopg2 requests
Retirer les droits d’exécution à GCC pour tout le monde : sudo chmod o-x /usr/bin/gcc .
Créer le fichier de configuration : cp config.py.sample config.py
- Modifier les paramètres :
  - SQLALCHEMY_DATABASE_URI = "postgresql://geonatadmin:<mot-de-passe>@10.0.1.10:5432/geonature2db"
  - QUERY_SELECT_CDREF = """SELECT DISTINCT cd_ref FROM taxonomie.bib_noms ORDER BY cd_ref LIMIT 100""" : supprimer le LIMIT 100 une fois un premier test effectué
Lancer le script : python import_inpn_media.py
Si tout c'est bien passé, désactiver l'environnement virtuel : deactivate

Le script ajoute les photos en tant que "secondaire" pour désigner celle avec le plus petit id_media (= au hasard) comme "principale", utiliser la requête :

WITH first_media AS (
	SELECT MIN(id_media) AS first_id_media_founded, cd_ref 
	FROM taxonomie.t_medias
	GROUP BY cd_ref
)
UPDATE taxonomie.t_medias AS tm 
	SET id_type = 1
	FROM first_media AS fm
	WHERE tm.id_media = fm.first_id_media_founded
		AND tm.cd_ref = fm.cd_ref ;

Pour afficher les images sur l'Atlas, il est nécessaire de rafraichir les données des vues matérialisées atlas.vm_medias et atlas.vm_taxons_plus_observes :
```
REFRESH MATERIALIZED VIEW atlas.vm_medias WITH DATA ;
REFRESH MATERIALIZED VIEW atlas.vm_taxons_plus_observes WITH DATA ;
```