Installer GeoNature Atlas App

Obtenir l'Atlas v2.x avec Git

Se connecter sur le serveur web-srv avec : ssh geonat@web-<region>-sinp
Se placer dans le dossier suivant : cd ~/www/
Cloner le dépôt de l'Atlas dans un dossier atlas/ : git clone https://github.com/PnX-SI/GeoNature-atlas.git atlas
Se placer dans le dossier de l'Atlas et basculer sur le tag désiré : cd ~/www/atlas/; git checkout 2.0.0
Créer un lien symbolique depuis le dossier racine pour faciliter l'accès à l'Atlas : ln -s ~/www/atlas ~/atlas

🗑️ Obtenir l'Atlas v1.x avec une archive

Documentation : https://github.com/PnX-SI/GeoNature-atlas/blob/master/docs/installation.rst
Récupérer et afficher la dernière version : curl -s https://api.github.com/repos/PnX-SI/GeoNature-atlas/releases/latest| grep -oP '"tag_name": "\K(.*)(?=")'
Se placer dans le dossier dwl de l'utilisateur geonat : cd ~/dwl/
Télécharger l'archive : wget https://github.com/PnX-SI/GeoNature-atlas/archive/1.4.1.zip -O atlas_v1.4.1.zip
Décompresser l'archive dans le dossier www de l'utilisateur geonat : unzip atls_v1.4.1.zip -d ~/www/
Se rendre dans le dossier www : cd ~/www/
Renommer le dossier de l'Atlas (au format GeoNature ⇒ uniformité): mv GeoNature-atlas-1.4.1 atlas_v1.4.1
Créer un lien symbolique : ln -s atlas_v1.4.1 atlas
Se rendre dans le dossier de Atlas : cd atlas
Vérifier la présence dans le fichier gunicorn_start.sh du paramètre --timeout=${gun_timeout} au lancement de Gunicorn.

Configurer l'Atlas v2

Vérifier dans le fichier install/install_env.sh que tous les paquets Debian nécessaires à l'Atlas ont été installés lors de l'installation des dépendances de GeoNature.
- NE PAS utiliser le script install_env.sh car nous n'utilisons pas Apache ni la version de Postgresql des dépôts Debian.
Créer le fichier settings.ini : cp atlas/configuration/settings.ini.sample atlas/configuration/settings.ini

Éditer le fichier settings.ini et modifier les propriétés : vi atlas/configuration/settings.ini

db_host=10.0.1.40
db_port=5432
db_name=gnatlas
user_pg=geonatatlas
user_pg_pass=<mot-de-passe-utilisateur-atlas>
owner_atlas=geonatadmin
owner_atlas_pass=<mot-de-passe-proprio-base-atlas>
geonature_source=true
observation_data_source=gn_synthese.synthese_atlas
db_source_host=10.0.1.40
db_source_port=5432
db_source_name=geonature2db
db_source_fetch_size=1000000
atlas_source_user=gnreader
atlas_source_pass=<mot-de-passe-utilisateur-geonature-source>
type_code="COM,DEP,PNR,SINP"
type_maille="M5"
altitudes=(0 500 1000 1500 2000 2500 3000 3500 4000)
time=15
GEONATURE_ATLAS_DOCKER_IMAGE="ghcr.io/pnx-si/geonature-atlas:latest"
COMPOSE_FILE=docker-compose.yml
service_desc="GeoNature-Atlas"
gun_proc_name=geonature-atlas 
gun_num_workers=5 # Par défaut : 2 * nombre de CPU + 1
gun_host=127.0.0.1 # Bloquer l'accès extérieur au port 5000 de l'API => mettre en place un proxy Nginx via un sous-domaine si nécessaire.
gun_port=8080
gun_timeout=120

Copier le dossier GeoNature Atlas sur l'instance DB : rsync -av -e "ssh -p <port-ssh-db>" /home/geonat/www/atlas geonat@pdb-<region>-sinp:/home/geonat/www/
Installer la base de données de GeoNature-Atlas puis poursuivre ici l'installation de l'application.
Créer le dossier des logs : mkdir ~/www/atlas/log
Créer le fichier de log de l'installation : touch ~/www/atlas/log/install_app.log
Lancer l'installation : ./install_app.sh 2>&1 | tee install_app.log
Consulter les log envoyés à la fin de l'installation par Gunicorn dans ~/www/atlas/log/errors_atlas.log avec : tail -f ~/www/atlas/log/errors_atlas.log