Table des matières

Mise à jour de GeoNature

Comme indiquée dans la documentation de GeoNature : La mise à jour de GeoNature consiste à télécharger sa nouvelle version dans un nouveau répertoire, récupérer les fichiers de configuration et de surcouche depuis la version actuelle et de relancer l’installation dans le répertoire de la nouvelle version.

Ressources

Doc mise à jour de GeoNature

Procédure

Commencer par réaliser des sauvegardes de l'instance "web-srv" et vérifier le bon fonctionnement des sauvegardes de la base de données Postgresql.
Idéalement, récupérer la dernière archive sauvegardée de la base de données en local et charger la dans Postgresql pour vérifier le bon fonctionnement de l'archive.

Créer un snapshot du volume "<sinp>-geonature-postgresql"

Cette procédure est désormais inutile car la base de données est hébergée sur le disque principal du serveur ; les volumes n'étant pas assez rapide !

Sur l'instance "db-srv" stoper Postgresql : sudo systemctl stop postgresql
Via l'interface d'OVH :
- détacher le volume "<sinp>-geonature-postgresql"
- créer le snapshot. ATTENTION : l'interface d'OVH semble afficher en permanence "PENDING", il faut forcer le renouvellement de la page pour voir le changement d'etat.
- attacher à nouveau le volume à l'instance "db-srv"
Sur l'instance "db-srv" relancer Postgresql : sudo systemctl start postgresql

Désactivation du service GeoNature

Sur l'instance "web-srv" :
- Pour les versions supérieur à GeoNature 2.4.2 et le fonctionnement à partir de 2022 :
  - Passer le site en maintenance longue avec la commande :
```
mv 
~/www/maintenance/geonature/maintenance.disable ~/www/maintenance/geonature/maintenance.enable
```
  - Si Systemd est utilisé pour GeoNature l'Atlas, désectiver les services ainsi :
```
systemctl stop geonature taxhub usershub atlas
```
  - Si Supervisor est toujours utilisé, le désactivé comme indiqué ci-dessous.

Pour les versions antérieurs à GeoNature 2.4.2 et le fonctionnement antérieur à 2022 :
- Basculer GeoNature et l'Atlas en mode maintenance :
  - nginx_dissite geonature.conf ; nginx_ensite geonature_maintenance.conf ; service nginx reload
  - nginx_dissite atlas.conf ; nginx_ensite atlas_maintenance.conf ; service nginx reload
- Arrêter les services de GeoNature de Supervisor avant de faire les mises à jour : supervisorctl stop geonature2 atlas taxhub usershub2

Mise à jour côté "web-srv" - GeoNature

Exporter la dernière version de GeoNature dans une variable d'env locale à la session : export GNV=$(curl -s https://api.github.com/repos/PnX-SI/GeoNature/releases/latest | grep tag_name | cut -d\" -f4)
- Vérifier la version en question : echo "${GNV}" *
Se placer dans le dossier dwl de l'utilisateur geonat : cd ~/dwl/
Télécharger l'archive : wget https://github.com/PnX-SI/GeoNature/archive/${GNV}.zip -O geonature_v${GNV}.zip
Décompresser l'archive dans le dossier www de l'utilisateur geonat : unzip geonature_v${GNV}.zip -d ./
Renommer le dossier au format GeoNature (⇒ uniformité): mv GeoNature-${GNV} ~/www/geonature_v${GNV}
Se rendre dans le dossier www : cd ~/www/
Pour faciliter la migration et la compatibilité avec les scripts GeoNature créer les liens symbolique suivant :
- cd ~/www; rm -f geonature_old; ln -s geonature_v<ancienne-version> geonature_old
- Seulement nécessaire la première fois :
  - cd ~/; rm -f geonature_old; ln -s ~/www/geonature_old geonature_old
  - cd ~/; rm -f geonature; ln -s ~/www/geonature geonature
Copier les fichiers de config de l'ancien dossier vers le nouveau :
- le fichier de paramètres pour les scripts d'installation et Gunicorn : cp ~/www/geonature_old/config/settings.ini ~/www/geonature_v${GNV}/config/settings.ini
- le fichier de config du backend Python de GeoNature : cp ~/www/geonature_old/config/geonature_config.toml ~/www/geonature_v${GNV}/config/geonature_config.toml
- Ajouter la modification décrite ci-dessous dans le fichier gunicorn_start.sh : vi ~/www/geonature_v${GNV}/backend/gunicorn_start.sh
Vérifier l’existence de nouveaux paramètres de config :
- Dans settings.ini : diff ~/www/geonature_old/config/settings.ini.sample ~/www/geonature_v${GNV}/config/settings.ini.sample
- Dans geonature_config.toml : diff ~/www/geonature_old/config/geonature_config.toml.sample ~/www/geonature_v${GNV}/config/geonature_config.toml.sample
Modifier le lien symbolique pour pointer vers la nouvelle version : cd ~/www; rm -f geonature; ln -s geonature_v${GNV} geonature
Consulter les éventuelles notes de version spécifiques décrites au niveau de chaque version : https://github.com/PnX-SI/GeoNature/releases
- ATTENTION : Avant de lancer un script, l'éditer et corriger les chemins vers l'installation de GeoNature
- Sur l'instance "web-srv" exécuter tous les scripts en lien avec l'interface.

Mise à jour côté "web-srv" - UsersHub

Exporter la dernière version de UsersHub dans une variable d'env locale à la session : export UHV=$(curl -s https://api.github.com/repos/PnX-SI/UsersHub/releases/latest | grep tag_name | cut -d\" -f4)
- Vérifier la version en question : echo "${UHV}"
Se placer dans le dossier dwl de l'utilisateur geonat : cd ~/dwl/
Télécharger l'archive : wget https://github.com/PnX-SI/UsersHub/archive/${UHV}.zip -O usershub_v${UHV}.zip
Décompresser l'archive dans le dossier www de l'utilisateur geonat : unzip usershub_v${UHV}.zip -d ~/www/
Se rendre dans le dossier www : cd ~/www/
Renommer le dossier au format GeoNature (⇒ uniformité): mv UsersHub-${UHV} usershub_v${UHV}
Pour faciliter la migration et la compatibilité avec les scripts de migration créer les liens symbolique suivant :
- cd ~/www; rm -f usershub_old; ln -s usershub_v<ancienne-version> usershub_old
- Seulement nécessaire la première fois :
  - cd ~/; rm -f usershub; ln -s ~/www/usershub usershub
  - cd ~/; rm -f usershub_old; ln -s ~/www/usershub_old usershub_old
Copier les fichiers de config de l'ancien dossier vers le nouveau :
- le fichier de paramètres pour les scripts d'installation et Gunicorn : cp ~/www/usershub_old/config/settings.ini ~/www/usershub_v${UHV}/config/settings.ini
- le fichier de config du backend Python : cp ~/www/usershub_old/config/config.py ~/www/usershub_v${UHV}/config/config.py
Vérifier l’existence de nouveaux paramètres de config :
- Dans config.py : diff ~/www/usershub_old/config/config.py.sample ~/www/usershub_v${UHV}/config/config.py.sample
- Dans settings.ini : diff ~/www/usershub_old/config/settings.ini.sample ~/www/usershub_v${UHV}/config/settings.ini.sample
Modifier le lien symbolique pour pointer vers la nouvelle version : cd ~/www; rm -f usershub; ln -s usershub_v${UHV} usershub
Consulter les éventuelles notes de version spécifiques décrites au niveau de chaque version : https://github.com/PnX-SI/UsersHub/releases
- ATTENTION : Avant de lancer un script, l'éditer et corriger les chemins vers l'installation de GeoNature
- Sur l'instance "web-srv" exécuter tous les scripts en lien avec l'interface.

Mise à jour côté "web-srv" - TaxHub

Exporter la dernière version de TaxHub dans une variable d'env locale à la session : export THV=$(curl -s https://api.github.com/repos/PnX-SI/TaxHub/releases/latest | grep tag_name | cut -d\" -f4)
- Vérifier la version en question : echo "${THV}"
Se placer dans le dossier dwl de l'utilisateur geonat : cd ~/dwl/
Télécharger l'archive : wget https://github.com/PnX-SI/TaxHub/archive/${THV}.zip -O taxhub_v${THV}.zip
Décompresser l'archive dans le dossier www de l'utilisateur geonat : unzip taxhub_v${THV}.zip -d ~/www/
Se rendre dans le dossier www : cd ~/www/
Renommer le dossier au format GeoNature (⇒ uniformité): mv TaxHub-${THV} taxhub_v${THV}
Pour faciliter la migration et la compatibilité avec les scripts de migration créer les liens symbolique suivant :
- cd ~/www; rm -f taxhub_old; ln -s taxhub_v<ancienne-version> taxhub_old
- Seulement nécessaire la première fois :
  - cd ~/; rm -f taxhub; ln -s ~/www/taxhub taxhub
  - cd ~/; rm -f taxhub_old; ln -s ~/www/taxhub_old taxhub_old
Copier les fichiers de config de l'ancien dossier vers le nouveau :
- le fichier de paramètres pour les scripts d'installation et Gunicorn : cp ~/www/taxhub_old/settings.ini ~/www/taxhub_v${THV}/settings.ini
- le fichier de config du backend Python : cp ~/www/taxhub_old/config.py ~/www/taxhub_v${THV}/config.py
- le fichier de config du frontend Javascript : cp ~/www/taxhub_old/static/app/constants.js ~/www/taxhub_v${THV}/static/app/constants.js
Transférer les médias uploadés dans l'ancienne version vers la nouvelle : cp -aR ~/www/taxhub_old/static/medias/ ~/www/taxhub_v${THV}/static/medias/
Vérifier l’existence de nouveaux paramètres de config :
- Dans config.py : diff ~/www/taxhub_old/config.py.sample ~/www/taxhub_v${THV}/config.py.sample
- Dans settings.ini : diff ~/www/taxhub_old/settings.ini.sample ~/www/taxhub_v${THV}/settings.ini.sample
- Dans constants.js : diff ~/www/taxhub_old/static/app/constants.js.sample ~/www/taxhub_v${THV}/static/app/constants.js.sample
Modifier le lien symbolique pour pointer vers la nouvelle version : cd ~/www; rm -f taxhub; ln -s taxhub_v${THV} taxhub
Consulter les éventuelles notes de version spécifiques décrites au niveau de chaque version : https://github.com/PnX-SI/UsersHub/releases
- ATTENTION : Avant de lancer un script, l'éditer et corriger les chemins vers l'installation de GeoNature
- Sur l'instance "web-srv" exécuter tous les scripts en lien avec l'interface.

Mise à jour côté "db-srv"

Si les notes de version indiquent qu'il faut exécuter un script de migration de base de données suivre les étapes suivantes :
- Synchroniser le dossier GeoNature de "web-srv" vers "db-srv" : rsync -av -e "ssh -p <port-ssh-db>" /home/geonat/www/ geonat@db-<region>-sinp:/home/geonat/www/
Se connecter sur l'instance "db-srv" en tant que geonat : ssh geonat@db-<region>-sinp
- Seulement nécessaire la première fois, créer des liens symboliques depuis la racine du home car ils sont utilisés par les scripts de migration :
  - cd ~/; rm -f geonature_old; ln -s ~/www/geonature_old geonature_old
  - cd ~/; rm -f geonature; ln -s ~/www/geonature geonature
  - cd ~/; rm -f usershub; ln -s ~/www/usershub usershub
  - cd ~/; rm -f usershub_old; ln -s ~/www/usershub_old usershub_old
  - cd ~/; rm -f taxhub; ln -s ~/www/taxhub taxhub
  - cd ~/; rm -f taxhub_old; ln -s ~/www/taxhub_old taxhub_old
- Exporter les dernières versions de appli GeoNature dans des variables d'environnement locale à la session :
  - GeoNature : export GNV=$(curl -s https://api.github.com/repos/PnX-SI/GeoNature/releases/latest | grep tag_name | cut -d\" -f4)
  - UsersHub : export UHV=$(curl -s https://api.github.com/repos/PnX-SI/UsersHub/releases/latest | grep tag_name | cut -d\" -f4)
  - TaxHub : export THV=$(curl -s https://api.github.com/repos/PnX-SI/TaxHub/releases/latest | grep tag_name | cut -d\" -f4)
  - Vérifier : echo "GNV: ${GNV} ; UHV: ${UHV} ; THV: ${THV}"
- Suivez les notes de version indiquant l’exécution de scripts liés à la base de données :
  - GeoNature : https://github.com/PnX-SI/GeoNature/releases
  - UsersHub : https://github.com/PnX-SI/UsersHub/releases
  - TaxHub : https://github.com/PnX-SI/TaxHub/releases

Réactivation du service GeoNature

Sur l'instance "web-srv" :
- Démarrer les services GeoNature de Supervisor : supervisorctl start geonature2 atlas taxhub usershub2
- Désactiver le mode maintenance de GeoNature et de l'Atlas :
  - nginx_dissite geonature_maintenance.conf ; nginx_ensite geonature.conf ; service nginx reload
  - nginx_dissite atlas_maintenance.conf ; nginx_ensite atlas.conf ; service nginx reload

Installation d'une branche hors releases

GeoNature

Lors de la phase de développement de nouvelle fonctionnalités sur GeoNature, il peut être intéressant de pouvoir les tester en ligne. Pour ce faire, il est important que la branche en question se base sur la dernière version installée sur le serveur de GeoNature. Sinon, il risque d'y avoir des problème de compatibilité avec la base de données. ATTENTION : Si la branche nécessite une mise à jour de la base de données, bien vérifier que cette mise à jour est réversible !

Voici la procédure à suivre pour mettre en place un telle branche sur "web-srv" :

Exporter le nom de la branche dans une variable d'env locale à la session. C'est le nom utilisé pour les fichiers il faut donc y remplacer les éventuels "/" par "-" : export GNB="<branche>"
Indiquer la version de Geonature sur laquelle se base les développements
- Pour voir la version, en local dans le dossier du code de GeoNature contenant les développements : cat VERSION
- Récupérer aussi les 7 derniers caractères du SHA1 du dernier commit de la branche à récupérer
- Exporter la version de GeoNature optenu avec cat en la concaténant avec les 7 premiers caractères du commit séparé par "-" . Ex. : export GNV="2.10.0.dev0-5208519"
ATTENTION : si des modifications ont été faites dans des lib dont dépend GeoNature (utils_flask_sqla) faire les modif à la main une fois la migration effectuée dans le venv. Par exemple, pour utils_flask_sqla dans ~/www/geonature/backend/venv/lib/python3.7/site-packages/utils_flask_sqla. Cela ne devrait plus être nécessaire avec les versions 2.8.2+ car les dépendances sont inclues via pip install -r requirements
Vérifier les versions en question : echo "Branche: ${GNB} ; GeoNature : ${GNV}"
Se placer dans le dossier dwl de l'utilisateur geonat : cd ~/dwl/
Télécharger l'archive : wget https://github.com/PnX-SI/GeoNature/archive/<branche>.zip -O "geonature_${GNB}_v${GNV}.zip"
- Il est aussi possible d'indiquer un SHA1 de commit pour l'URL : https://github.com/PnX-SI/GeoNature/archive/<sha1>.zip
Décompresser l'archive dans le dossier dwl de l'utilisateur geonat : unzip geonature_${GNB}_v${GNV}.zip -d ~/dwl/
Renommer le dossier au format GeoNature (⇒ uniformité), dans le nom de la branche les "/" sont remplacés par des "-" : mv GeoNature-${GNB} geonature_${GNB}_v${GNV}
Déplacer le dossier au format GeoNature dans www/ : mv geonature_${GNB}_v${GNV} ~/www/
Se rendre dans le dossier www : cd ~/www/
Copier les fichiers de config de la version de prod vers le dossier de la branche :
- le fichier de paramètres pour les scripts d'installation et Gunicorn : cp ~/www/geonature/config/settings.ini ~/www/geonature_${GNB}_v${GNV}/config/settings.ini
- le fichier de config du backend Python de GeoNature : cp ~/www/geonature/config/geonature_config.toml ~/www/geonature_${GNB}_v${GNV}/config/geonature_config.toml
- Configuration de Gunicorn :
  - Pour GN > 2.8.1, voir la section "Surcouchage des fichiers Systemd de GeoNature (GeoNature > v2.8.1)" pour la configuration de Gunicorn. Gunicorn ne nécessite plus de modification spécifique des fichiers de GN, mais nous devons copier (ou le créer) le fichier environ de paramétrage : cp ~/www/geonature/environ ~/www/geonature_${GNB}_v${GNV}/environ
  - Pour GN =< 2.8.1, le fichier de démarrage de Gunicorn : cp ~/www/geonature/backend/gunicorn_start.sh ~/www/geonature_${GNB}_v${GNV}/backend/gunicorn_start.sh
Vérifier l’existence de nouveaux paramètres de config :
- Dans settings.ini : diff ~/www/geonature/config/settings.ini.sample ~/www/geonature_${GNB}_v${GNV}/config/settings.ini.sample
- Dans geonature_config.toml : diff ~/www/geonature/config/geonature_config.toml.sample ~/www/geonature_${GNB}_v${GNV}/config/geonature_config.toml.sample
Compléter/modifier les paramètres de config en fonction des besoins de la branches dans les fichiers :
- settings.ini : vi ~/www/geonature_${GNB}_v${GNV}/config/settings.ini
- geonature_config.toml : vi ~/www/geonature_${GNB}_v${GNV}/config/geonature_config.toml
Copier les fichiers existant des composants personnalisables du frontend :
- Sauvegarder le dossier custom existant : mv ~/www/geonature_${GNB}_v${GNV}/frontend/src/custom ~/www/geonature_${GNB}_v${GNV}/frontend/src/custom.save
- Créer un nouveau dossier : mkdir ~/www/geonature_${GNB}_v${GNV}/frontend/src/custom/
- Copier l'ancien dossier : cp -r ~/geonature/frontend/src/custom/* ~/www/geonature_${GNB}_v${GNV}/frontend/src/custom/
- Afficher les différences entre les 2 dossiers : cd ~/www/geonature_${GNB}_v${GNV}/frontend/src ; diff -qr custom.save/ custom/
Copier les fichiers statics du backend :
- export avec : cp -r ~/geonature/backend/static/exports/* ~/www/geonature_${GNB}_v${GNV}/backend/static/exports
Copier le favicon avec : cp ~/geonature/frontend/src/favicon.ico ~/www/geonature_${GNB}_v${GNV}/frontend/src/favicon.ico
Copier la lib leaflet-draw (corrigée) : cp ~/www/geonature_old/frontend/node_modules/leaflet-draw/dist/leaflet.draw.js ~/www/geonature/frontend/node_modules/leaflet-draw/dist/leaflet.draw.js
Modifier les liens symboliques :
- pour la nouvelle version : cd ~/www; rm -f geonature; ln -s geonature_${GNB}_v${GNV} geonature
- pour l'ancienne version :
  - cd ~/www; rm -f geonature_old; ln -s geonature_v${GNV} geonature_old
  - ou si l’ancienne version était déjà sur une branche de test : cd ~/www; rm -f geonature_old; ln -s geonature_${GNB}_v<ancienne-version> geonature_old
Vérifier qu'il n'y pas de nécessité de réaliser une migration de la base de GeoNature: https://github.com/PnX-SI/GeoNature/releases
Exécuter les scripts de mise à jour de la base de données :
- ATTENTION : remettre à false le paramètre drop_apps_db du fichier ~/www/geonature_${GNB}_v${GNV}/config/settings.ini si vous l'avez modifié !
- GeoNature > 2.8.1 :
  - Utiliser (dans le venv activé) la commande : geonature db status
  - Utiliser la commande de mise à jour auto sauf mention contraire dans les notes de releases : geonature db autoupgrade
- GeoNature =< 2.8.1 :
  - sur "web-srv" :
    - Synchroniser le dossier GeoNature de "web-srv" vers "db-srv" : rsync -av -e "ssh -p <port-ssh-db>" /home/geonat/www/ geonat@db-<region>-sinp:/home/geonat/www/
  - sur "db-srv" :
    - vous pouvez utiliser une commande du type : psql -h localhost -U geonatadmin -d geonature2db -f ~/geonature/data/migrations/<mon-fichier-de-mise-a-jour>.sql
Réactiver GCC le temps de l'install du venv Python (⇒ compilation Psycopg2) : sudo chmod o+x /usr/bin/gcc
Créer le fichier cron.log du module Export (voir #86) : mkdir -p /home/${USER}/geonature/var/log/gn_export/ ; touch /home/${USER}/geonature/var/log/gn_export/cron.log
Migrer GeoNature : cd ~/www/geonature/ ; ./install/migration/migration.sh
Désactiver à nouveau GCC : sudo chmod o-x /usr/bin/gcc
ATTENTION : remettre à false le paramètre drop_apps_db du fichier ~/www/geonature_${GNB}_v${GNV}/config/settings.ini si vous l'avez modifié !
Vérifier le statuts du service GeoNature :
- GeoNature > 2.8.1 : via SystemD avec sudo systemctl status geonature
- GeoNature =< 2.8.1 : via Supervisord avec sudo supervisorctl status geonature2

UsersHub

Toutes étapes suivantes se déroulent sur "web-srv" à l'exception des mises à jour de la base sur "db-srv" :

Exporter le nom de la branche dans une variable d'env locale à la session. C'est le nom utilisé pour les fichiers il faut donc y remplacer les éventuels "/" par "-" : export UHB="<branche>"
Indiquer la version de UsersHub sur laquelle se base les développements
- Pour voir la version, en local dans le dossier du code de UsersHub contenant les développements : cat VERSION
- Récupérer aussi les 7 derniers caractères du SHA1 du dernier commit de la branche à récupérer
- Exporter la version de UsersHub obtenu avec cat en la concaténant avec les 7 premiers caractères du commit séparé par "-" . Ex. : export UHV="2.2.2-0580563"
Vérifier les versions en question : echo "Branche: ${UHB} ; UsersHub : ${UHV}"
Se placer dans le dossier dwl de l'utilisateur geonat : cd ~/dwl/
Télécharger l'archive : wget https://github.com/PnX-SI/UsersHub/archive/<branche>.zip -O "usershub_${UHB}_v${UHV}.zip"
- Il est aussi possible d'indiquer un SHA1 de commit pour l'URL : https://github.com/PnX-SI/UsersHub/archive/<sha1>.zip
Décompresser l'archive dans le dossier dwl de l'utilisateur geonat : unzip usershub_${UHB}_v${UHV}.zip -d ~/dwl/
Renommer le dossier au format GeoNature (⇒ uniformité), dans le nom de la branche les "/" sont remplacés par des "-" : mv UsersHub-${UHB} usershub_${UHB}_v${UHV}
Déplacer le dossier au format GeoNature dans www/ : mv usershub_${UHB}_v${UHV} ~/www/
Se rendre dans le dossier www : cd ~/www/
Copier les fichiers de config de l'ancien dossier vers le nouveau :
- le fichier de paramètres pour les scripts d'installation et Gunicorn : cp ~/www/usershub/config/settings.ini ~/www/usershub_${UHB}_v${UHV}/config/settings.ini
- le fichier de config du backend Python : cp ~/www/usershub/config/config.py ~/www/usershub_${UHB}_v${UHV}/config/config.py
Vérifier l’existence de nouveaux paramètres de config :
- Dans config.py : diff ~/www/usershub/config/config.py.sample ~/www/usershub_${UHB}_v${UHV}/config/config.py.sample
- Dans settings.ini : diff ~/www/usershub/config/settings.ini.sample ~/www/usershub_${UHB}_v${UHV}/config/settings.ini.sample
Compléter/modifier les paramètres de config en fonction des besoins de la branches dans les fichiers :
- config.py : vi ~/www/usershub_${UHB}_v${UHV}/config/config.py
- settings.ini : vi ~/www/usershub_${UHB}_v${UHV}/config/settings.ini
Modifier les liens symboliques :
- pour la nouvelle version : cd ~/www; rm -f usershub; ln -s usershub_${UHB}_v${UHV} usershub
- pour l'ancienne version :
  - cd ~/www; rm -f usershub_old; ln -s usershub_v${UHV} usershub_old
  - ou si l’ancienne version était déjà sur une branche de test : cd ~/www; rm -f usershub_old; ln -s usershub_${UHB}_v<ancienne-version> usershub_old
La mise à jour de la base de données passe par la commande geonature depuis la version 2.9.0, voir cet étape dans la section consacré à GeoNature.
Consulter les éventuelles notes de version spécifiques décrites au niveau de chaque version : https://github.com/PnX-SI/UsersHub/releases
- Sur l'instance "web-srv" exécuter tous les scripts en lien avec l'interface.

TaxHub

Toutes étapes suivantes se déroulent sur "web-srv" à l'exception des mises à jour de la base sur "db-srv" :

Exporter le nom de la branche dans une variable d'env locale à la session. C'est le nom utilisé pour les fichiers il faut donc y remplacer les éventuels "/" par "-" : export THB="<branche>"
Indiquer la version de TaxHub sur laquelle se base les développements
- Pour voir la version, en local dans le dossier du code de TaxHub contenant les développements : cat VERSION
- Récupérer aussi les 7 derniers caractères du SHA1 du dernier commit de la branche à récupérer
- Exporter la version de TaxHub obtenu avec cat en la concaténant avec les 7 premiers caractères du commit séparé par "-" . Ex. : export THV="1.9.4-0580563"
Vérifier les versions en question : echo "Branche: ${THB} ; TaxHub : ${THV}"
Se placer dans le dossier dwl de l'utilisateur geonat : cd ~/dwl/
Télécharger l'archive : wget https://github.com/PnX-SI/TaxHub/archive/<branche>.zip -O "taxhub_${THB}_v${THV}.zip"
- Il est aussi possible d'indiquer un SHA1 de commit pour l'URL : https://github.com/PnX-SI/TaxHub/archive/<sha1>.zip
Décompresser l'archive dans le dossier dwl de l'utilisateur geonat : unzip taxhub_${THB}_v${THV}.zip -d ~/dwl/
Renommer le dossier au format GeoNature (⇒ uniformité), dans le nom de la branche les "/" sont remplacés par des "-" : mv TaxHub-${THB} taxhub_${THB}_v${THV}
Déplacer le dossier au format GeoNature dans www/ : mv taxhub_${THB}_v${THV} ~/www/
Se rendre dans le dossier www : cd ~/www/
Copier les fichiers de config de l'ancien dossier vers le nouveau :
- le fichier de paramètres pour les scripts d'installation et Gunicorn : cp ~/www/taxhub/settings.ini ~/www/taxhub_${THB}_v${THV}/settings.ini
- le fichier de config du backend Python : cp ~/www/taxhub/apptax/config.py ~/www/taxhub_${THB}_v${THV}/apptax/config.py
  - Pour TaxHub < 1.9.2 : cp ~/www/taxhub/config.py ~/www/taxhub_${THB}_v${THV}/config.py
- le fichier de config du frontend Javascript : cp ~/www/taxhub/static/app/constants.js ~/www/taxhub_${THB}_v${THV}/static/app/constants.js
Transférer les médias uploadés dans l'ancienne version vers la nouvelle : cp -aR ~/www/taxhub/static/medias/ ~/www/taxhub_${THB}_v${THV}/static/medias/
- Vérifier les droits des dossiers et fichiers copiés
Vérifier l’existence de nouveaux paramètres de config :
- Dans config.py : diff ~/www/taxhub/apptax/config.py.sample ~/www/taxhub_${THB}_v${THV}/apptax/config.py.sample
  - Pour TaxHub < 1.9.2 : diff ~/www/taxhub/config.py.sample ~/www/taxhub_${THB}_v${THV}/config.py.sample
- Dans settings.ini : diff ~/www/taxhub/settings.ini.sample ~/www/taxhub_${THB}_v${THV}/settings.ini.sample
- Dans constants.js : diff ~/www/taxhub/static/app/constants.js.sample ~/www/taxhub_${THB}_v${THV}/static/app/constants.js.sample
Compléter/modifier les paramètres de config en fonction des besoins de la branches dans les fichiers :
- config.py : vi ~/www/taxhub_${THB}_v${THV}/config.py
- settings.ini : vi ~/www/taxhub_${THB}_v${THV}/settings.ini
- constants.js : vi ~/www/taxhub_${THB}_v${THV}/static/app/constants.js
Modifier les liens symboliques :
- pour la nouvelle version : cd ~/www; rm -f taxhub; ln -s taxhub_${THB}_v${THV} taxhub
- pour l'ancienne version :
  - cd ~/www; rm -f taxhub_old; ln -s taxhub_v${THV} taxhub_old
  - ou si l’ancienne version était déjà sur une branche de test : cd ~/www; rm -f taxhub_old; ln -s taxhub_${THB}_v<ancienne-version> taxhub_old
La mise à jour de la base de données passe par la commande geonature depuis la version 2.9.0, voir cet étape dans la section consacré à GeoNature.
Consulter les éventuelles notes de version spécifiques décrites au niveau de chaque version : https://github.com/PnX-SI/TaxHub/releases
- Sur l'instance "web-srv" exécuter tous les scripts en lien avec l'interface.

Atlas

Voir la page dédié à la mise à jour de GeoNature Atlas.

Corrections des fichiers de GeoNature spécifique à notre installation

Surcouchage des fichiers Systemd de GeoNature (GeoNature > v2.8.1)

Passage à Systemd :

Copier le fichier install/assets/geonature.service dans /etc/systemd/system/ : sudo cp ~/www/geonature_${GNB}_v${GNV}/install/assets/geonature.service /etc/systemd/system
Éditer /etc/systemd/system/geonature.service et remplacer les variables ${USER} (votre utilisateur linux courant) et ${BASE_DIR} (chemin absolu du répertoire de GeoNature) par les valeurs appropriées
Créer un fichier environ à la racine de votre dossier GeoNature, et indiquer les variables d’environnement avec les valeurs modifiées :
```
GUNICORN_NUM_WORKERS=9
GUNICORN_TIMEOUT=300
```
Supprimer les paramètres liés à Gunicorn présent dans le fichier config/settings.ini de GeoNature.
Lancer la commande sudo systemctl daemon-reload
Pour démarrer GeoNature : sudo systemctl start geonature
Pour lancer GeoNature automatiquement au démarrage du serveur : sudo systemctl enable geonature

Surcoucher le service Systemd de GeoNature :

Afin d'éviter que les modifications effectuées dans le fichier /lib/systemd/system/geonature.service soient écrasées à chaque mise à jour de GeoNature, vous devez ajouter un fichier qui écrasera les valeurs par défaut.
Pour créer automatiquement l'arborescence de dossier et le fichier nécessaire, utiliser la commande suivante : systemctl edit geonature

La commande précédente ouvre l'éditeur par défaut du système, vous pouvez ajouter le contenu suivant et sortir de l'édition du fichier en sauvegardant :

[Unit]
StartLimitIntervalSec=60min
StartLimitBurst=25
 
[Service]
ExecStart=
ExecStart=/home/geonat/www/geonature/backend/venv/bin/gunicorn geonature:create_app() \
                --statsd-host "localhost:8125" \
                --statsd-prefix "geonature"  \
                --name "${GUNICORN_PROC_NAME}" --workers "${GUNICORN_NUM_WORKERS}" \
                --bind "${GUNICORN_HOST}:${GUNICORN_PORT}" --timeout="${GUNICORN_TIMEOUT}"
Restart=on-failure
RestartSec=2min
StandardOutput=append:/var/log/geonature/geonature.log

Note : la première ligne ExecStart= vide permet de réinitialiser la commande de lancement

Les modifications devraient être présente dans le fichier suivant : vi /etc/systemd/system/geonature.service.d/override.conf
Lancer la prise en compte des modifications qui vérifiera une éventuelle erreur : systemctl daemon-reload
Relancer le service si nécessaire : systemctl restart geonature

Surcouchage des fichiers Systemd de TaxHub (TaxHub > v1.9.0)

Surcoucher le service Systemd de TaxHub :

Afin d'éviter que les modifications effectuées dans le fichier /lib/systemd/system/taxhub.service soient écrasées à chaque mise à jour de TaxHub, vous devez ajouter un fichier qui écrasera les valeurs par défaut.
Pour créer automatiquement l'arborescence de dossier et le fichier nécessaire, utiliser la commande suivante : systemctl edit taxhub

La commande précédente ouvre l'éditeur par défaut du système, vous pouvez ajouter le contenu suivant et sortir de l'édition du fichier en sauvegardant :

[Unit]
StartLimitIntervalSec=60min
StartLimitBurst=25
 
[Service]
ExecStart=
ExecStart=/home/geonat/www/taxhub/venv/bin/gunicorn apptax.app:create_app() \
                --statsd-host "localhost:8125" \
                --statsd-prefix "taxhub"  \
                --name "${GUNICORN_PROC_NAME}" --workers "${GUNICORN_NUM_WORKERS}" \
                --bind "${GUNICORN_HOST}:${GUNICORN_PORT}" --timeout="${GUNICORN_TIMEOUT}"
Restart=on-failure
RestartSec=2min
StandardOutput=append:/var/log/taxhub/taxhub.log

Note : la première ligne ExecStart= vide permet de réinitialiser la commande de lancement

Les modifications devraient être présente dans le fichier suivant : vi /etc/systemd/system/taxhub.service.d/override.conf
Lancer la prise en compte des modifications qui vérifiera une éventuelle erreur : systemctl daemon-reload
Relancer le service si nécessaire : systemctl restart taxhub

Surcouchage des fichiers Systemd de UsersHub (UsersHub > v2.1.3)

Surcoucher le service Systemd de UsersHub :

Afin d'éviter que les modifications effectuées dans le fichier /lib/systemd/system/usershub.service soient écrasées à chaque mise à jour de UsersHub, vous devez ajouter un fichier qui écrasera les valeurs par défaut.
Pour créer automatiquement l'arborescence de dossier et le fichier nécessaire, utiliser la commande suivante : systemctl edit usershub

La commande précédente ouvre l'éditeur par défaut du système, vous pouvez ajouter le contenu suivant et sortir de l'édition du fichier en sauvegardant :

[Unit]
StartLimitIntervalSec=60min
StartLimitBurst=25
 
[Service]
ExecStart=
ExecStart=/home/geonat/www/usershub/venv/bin/gunicorn app.app:create_app() \
                --statsd-host "localhost:8125" \
                --statsd-prefix "usershub"  \
                --name "${GUNICORN_PROC_NAME}" --workers "${GUNICORN_NUM_WORKERS}" \
                --bind "${GUNICORN_HOST}:${GUNICORN_PORT}" --timeout="${GUNICORN_TIMEOUT}"
Restart=on-failure
RestartSec=2min
StandardOutput=append:/var/log/usershub/usershub.log

Note : la première ligne ExecStart= vide permet de réinitialiser la commande de lancement

Les modifications devraient être présente dans le fichier suivant : vi /etc/systemd/system/usershub.service.d/override.conf
Lancer la prise en compte des modifications qui vérifiera une éventuelle erreur : systemctl daemon-reload
Relancer le service si nécessaire : systemctl restart usershub

Fichier "backend/gunicorn_start.sh" (GeoNature =< v2.8.1)

Ajout des options --statsd-* :

exec gunicorn  wsgi:app \
    --statsd-host=localhost:8125 \
    --statsd-prefix=geonature  \
    --timeout ${gun_timeout} \
    --error-log $APP_DIR/var/log/gn_errors.log \
    --pid="${app_name}.pid" \
    -w "${gun_num_workers}" \
    -b "${gun_host}:${gun_port}" \
    -n "${app_name}"

Mises à jour

GeoNature

v2.7.5 --> 2.10.0.dev0 (feat/sinp)

Sur "web-srv" :
- sudo supervisorctl stop geonature2
- sudo rm /etc/supervisor/conf.d/geonature-service.conf
- Corriger la directive proxy_passe de la conf GeoNature de Nginx :
  - sudo vi /etc/nginx/sites-available/geonature.conf
    - Remplacer proxy_pass http://127.0.0.1:8000/; par proxy_pass http://127.0.0.1:8000/api/;
  - Recharger la config : nginx-reload
- Passage à Systemd et surcouchage du service, voir la section dédiée dans la mise à jour de GeoNature.
- Modifier le fichier config/geonature_config.toml en :
  - ajoutant (changer le chemin en local):
```
[ALEMBIC]
VERSION_LOCATIONS = "/home/geonat/www/usershub/app/migrations/versions/"
```
  - remplaçant les id_type par des type_code dans le paramètre AREA_FILTERS. Par exemple, l'id 25 devient "COM".
  - remplacer les id_type par des type_code dans le paramètre AREA_TYPES. Ex. : AREA_TYPES = ["COM", "DEP", "SINP"]
- cd install/
- ./01_install_backend.sh
- source backend/venv/bin/activate
- geonature db stamp f06cc80cc8ba
- geonature db stamp 0dfdbfbccd63
- geonature db stamp 3fdaa1805575
- geonature db stamp 586613e2faeb
- geonature db stamp 7d6e98441e4c
- geonature db stamp ede150d9afd9
Sur "db-srv" :
- psql -h localhost -U geonatadmin -d geonature2db -c "DELETE FROM gn_sensitivity.cor_sensitivity_criteria WHERE id_criteria IS NULL;"
Sur "web-srv" :
- geonature db status chercher la révision sur la brance [geonature] qui précède 3b2f3de760dc access request.
- geonature db upgrade ca052245c6ec -x recompute-sensitivity=false -x restore-diffusion-level=false
- geonature db stamp c9854947fa23 # data-blurring
- geonature db upgrade geonature@head
- Vérifier l'état de la base : geonature db status
- Mise à jour des branches :
  - geonature db upgrade habitats_inpn_data@head
  - geonature db upgrade nomenclatures@head
  - geonature db upgrade taxonomie@head
- cd ~/geonature/frontend/
- nvm install
- nvm use
- cd ~/geonature/install/
- ./04_install_frontend.sh
- cd ~/geonature/frontend
- npm i -D @angular-builders/custom-webpack
- npm run build
- Faire la mise à jour de TaxRef v15 via TaxHub.
  - Estampiller la base avec la révision correspondant à la mise à jour TaxRef v15 : geonature db stamp ad35a3bf85c2
  - Finaliser la mise à jour de la branche taxonomie_inpn_data avec : geonature db upgrade taxonomie_inpn_data@head
- sudo systemctl restart geonature
- sudo aptitude remove supervisor
Sur "db-srv" :
- Procéder à la mise à jour des données CEN-PACA, CBNA, CBNMED.
- psql -h localhost -U geonatadmin -d geonature2db -f ~/data/db-geonature/data/sql/04_*
- psql -h localhost -U geonatadmin -d geonature2db -f ~/data/db-geonature/data/sql/01_fix_v_synthese_for_export.sql
- psql -h localhost -U geonatadmin -d geonature2db -f ~/data/cenpaca/data/sql/fix/006_*

v2.6.3.dev0 --> 2.7.5 (feat/sinp)

Sur "web-srv" :
- Suivre les étapes de l'installation de GeoNature sur une branche hors releases
- mv ~/geonature/frontend/src/custom/custom.scss ~/geonature/frontend/src/assets/custom.css
Sur "db-srv" :
- psql -h localhost -U geonatadmin -d geonature2db -f "data/migrations/2.6.2to2.7.0.sql"
- En local : rsync -av ./ geonat@db-paca-sinp:~/data/db-geonature/ --dry-run supprimer –dry-run si tout est ok
- psql -h localhost -U geonatadmin -d geonature2db -f ~/data/db-geonature/data/sql/01_fix_v_synthese_for_export.sql
- psql -h localhost -U geonatadmin -d geonature2db -f "data/migrations/2.7.1to2.7.2.sql"
- Mise à jour de UsersHub en version v2.2.2

Test migration en local : v2.6.3.dev0 --> 2.10.0.dev0 (feat/sinp)

Page détaillée de la mise à jour
Notes sur le test de migration en local :
- Commencer par la mise à jour de Taxhub en suivant les indications : de v1.7.4.dev0 vers v1.9.3
  - ```
  psql -h localhost -U geonatadmin -d gn2_dev_sinp -f "data/update1.7.3to1.8.0.sql"
```
- Mise à jour vers TaxRef v13 : doc
- Mise à jour vers TaxRef v14 : doc
  - Nécessite de mettre à jour dans "gn_synthese.synthese" les cd_nom supprimés listés dans liste_cd_nom_disparus_bib_noms.csv et dans liste_cd_nom_disparus_synthese.csv. Les requêtes SQL doivent être placées dans le fichier 2.1_taxref_changes_corrections_pre_detections.sql.
  - Pour les cd_nom sans remplaçant supprimer les observations liés s'il n'est pas possible de trouver le bon cd_nom pour les obs en question.
  - Dans le fichiers liste_changements.csv, rechercher dans la colonne "action" les entrées Loose attributes and medium now attach to … et "Conflict …" pour lesquels il peut y avoir une action à mener si des attributs (att_nb) ou des media existent (media_nb).
- Mise à jour de la base vers v2.7.0 :
```
psql -h localhost -U geonatadmin -d gn2_dev_sinp -f "data/migrations/2.6.2to2.7.0.sql"
```
  - Mettre à jour la vue "gn_synthese.v_synthese_for_export" suite à la migration : SINP AURA, SINP PACA.
    - psql -h localhost -U geonatadmin -d gn2_dev_sinp -f "data/sql/01_fix_v_synthese_for_export.sql"
- Changement du fichier custom.scss :
  - Modifier le chemin vers le fichier utilisé dans le fichier frontend/src/assets/custom.css
  - Le fichier est en CSS et plus en SCSS le modifier en conséquence
  - Changer son emplacement sur les dépôts sinp-paca-srv et sinp-aura-srv.
- Mise à jour de la base vers v2.7.2 :
```
psql -h localhost -U geonatadmin -d gn2_dev_sinp -f "data/migrations/2.7.1to2.7.2.sql"
```

v2.6.1 --> 2.6.3.dev0

Réinitialisation de la base de données

v2.6.0.rc.1 --> 2.6.1

Sur "db-srv" :
- cd ~/geonature
- mkdir tmp
- vi tmp/2.6.0-rc.1to2.6.0.sql : placer dedans toutes les lignes du script de migration situé après la ligne 471 indiquant "---- AFTER 2.6.0.rc.1". Penser à rajouter un BEGIN; au début du fichier.
- wget https://raw.githubusercontent.com/PnX-SI/Nomenclature-api-module/master/data/update1.3.4to1.3.5.sql -O tmp/nomenclature-api-module_update1.3.4to1.3.5.sql
- wget https://raw.githubusercontent.com/PnX-SI/Nomenclature-api-module/master/data/update1.3.4to1.3.5.sql -O tmp/nomenclature-api-module_update1.3.5to1.3.6.sql
- psql -h localhost -U geonatadmin -d geonature2db -f ./tmp/2.6.0-rc.1to2.6.0.sql
- sudo -u postgres psql -d geonature2db -c "UPDATE pg_attribute SET atttypmod = 5004 WHERE attrelid = 'gn_synthese.synthese'::regclass AND attname = 'reference_biblio';"
- psql -h localhost -U geonatadmin -d geonature2db -f ./tmp/nomenclature-api-module_update1.3.4to1.3.5.sql
- psql -h localhost -U geonatadmin -d geonature2db -f ./tmp/nomenclature-api-module_update1.3.5to1.3.6.sql
- psql -h localhost -U geonatadmin -d geonature2db -f ./data/migrations/2.6.0to2.6.1.sql
- psql -h localhost -U geonatadmin -d geonature2db -f ./data/migrations/access_request.sql
Sur "web-srv" :
- Rien de particulier

v2.5.5 --> 2.6.0.rc.1

Sur "db-srv" :
- psql -h localhost -U geonatadmin -d geonature2db -f ~/geonature/data/migrations/2.5.5to2.6.0_maj_jpm_2021-01-14.sql : ce fichier 2.5.5to2.6.0_maj_jpm_2021-01-14.sql contient toutes les lignes du fichier 2.5.5to2.6.0.sql du début du fichier jusqu'à la ligne de commentaire —- AFTER 2.5.6.rc.2.
Sur "web-srv" :
- Copier le fichier response.py de la lib python utils_flask_sqla qui contient une modification (voir https://github.com/PnX-SI/Utils-Flask-SQLAlchemy/issues/15) dans la nouvelle version : cp ~/geonature_old/backend/venv/lib/python3.7/site-packages/utils_flask_sqla/response.py ~/geonature/backend/venv/lib/python3.7/site-packages/utils_flask_sqla/response.py

v2.3.2 --> 2.5.3

Sur "db-srv" :
- cd ~/www/geonature/data/migrations ; wget https://raw.githubusercontent.com/PnX-SI/Nomenclature-api-module/master/data/update1.3.2to1.3.3.sql -O nomenclature-api-module_update1.3.2to1.3.3.sql
- psql -h localhost -U geonatadmin -d geonature2db -f ~/geonature/data/migrations/nomenclature-api-module_update1.3.2to1.3.3.sql
- psql -h localhost -U geonatadmin -d geonature2db -f ~/geonature/data/migrations/2.3.2to2.4.0.sql
- NOTE : La requête DELETE FROM gn_synthese.cor_area_synthese cas USING gn_synthese.synthese s, ref_geo.l_areas a WHERE cas.id_synthese = s.id_synthese AND a.id_area = cas.id_area AND public.ST_TOUCHES(s.the_geom_local,a.geom); n'a pas été exécuté… Voir ticket #719.
- psql -h localhost -U geonatadmin -d geonature2db -f ~/geonature/data/migrations/2.4.0to2.4.1.sql
- mkdir ~/www/geonature/var/log/
- cd ~/www/geonature/data/migrations/ ; ./2.4.0to2.4.1_insert_departments.sh
- cd ~/www/geonature/data/migrations ; wget https://raw.githubusercontent.com/PnX-SI/Nomenclature-api-module/master/data/update1.3.3to1.3.4.sql -O nomenclature-api-module_update1.3.3to1.3.4.sql
- psql -h localhost -U geonatadmin -d geonature2db -f ~/geonature/data/migrations/nomenclature-api-module_update1.3.3to1.3.4.sql
- A à l'aide de DBeaver copier/coller dans un fichier le source de la vue gn_exports.v_synthese_sinp puis supprimer cette vue.
- psql -h localhost -U geonatadmin -d geonature2db -f ~/geonature/data/migrations/2.4.1to2.5.0.sql
- Recréer la vue gn_exports.v_synthese_sinp en effectuant au préalable des corrections dedans : supprimer le champ id_nomenclature_obs_technique et renommer le champ id_nomenclature_obs_meth ⇒ id_nomenclature_obs_technique, remplacer le label "obsMeth" par "obsTech".
- psql -h localhost -U geonatadmin -d geonature2db -f ~/geonature/data/migrations/2.5.1to2.5.2.sql
- psql -h localhost -U geonatadmin -d geonature2db -f ~/geonature/data/migrations/2.5.2to2.5.3.sql
Sur "web-srv" :
- sudo aptitude install libcairo2 libpango-1.0-0 libpangocairo-1.0-0 libgdk-pixbuf2.0-0 libffi-dev shared-mime-info
- mkdir -p /home/${USER}/geonature/var/log/gn_export/ ; touch /home/${USER}/geonature/var/log/gn_export/cron.log
- sudo chmod o+x /usr/bin/gcc : réactiver GCC le temps de l'install du venv Python (⇒ compilation Psycopg2)
- cd ~/www/geonature/ ; ./install/migration/migration.sh
- sudo chmod o-x /usr/bin/gcc
- sudo supervisorctl status geonature2

v2.2.1 --> 2.3.2

Installation du module OccHab : geonature install_gn_module /home/geonat/www/geonature/contrib/gn_module_occhab /occhab
Modifier le nom et l'icône du menu occhab en suivant la procédure.

GeoNature - Module Export

Voir la page d'installation et mise à jour du module Export.

UsersHub

v2.1.3 --> v2.2.2

Sur "web-srv" :
- Suivre les étapes de l'installation de UsersHub sur une branche hors releases
- sudo supervisorctl stop usershub2
- sudo rm /etc/supervisor/conf.d/usershub-service.conf
- Passage à Systemd et surcouchage du service, voir la section dédiée dans la mise à jour de GeoNature.
- sudo aptitude install python3-venv
- Supprimer dans le fichier config/config.py le paramètre URLS_COR, il n'est plus utilisé.
- Lancer la mise à jour de l'application : ./install_app.sh
- Corriger le chemin vers UsersHub dans le fichier : vi /etc/systemd/system/usershub.service
Sur "db-srv" :
- La mise à jour de la base doit passer par la commande geonature via Alembic. Il est donc nécessaire de mettre à jour GeoNature en v2.10.0.dev0.
  - Généralement utilisé : geonature db upgrade usershub@head

v2.1.0 --> v2.1.3

Sur "db-srv" :
- psql -h localhost -U geonatadmin -d geonature2db -f ~/usershub/data/update_2.1.0to2.1.1.sql
- psql -h localhost -U admin -d geonature2db -c "UPDATE pg_attribute SET atttypmod = 500+4 WHERE attrelid = 'utilisateurs.bib_organismes'::regclass AND attname = 'nom_organisme';"
- psql -h localhost -U geonatadmin -d geonature2db -f ~/usershub/data/update_2.1.2to2.1.3.sql
Sur "web-srv" :
- sudo aptitude install python3-pip
- sudo pip3 install virtualenv==20.0.1
- sudo chmod o+x /usr/bin/gcc : réactiver GCC le temps de l'install du venv Python (⇒ compilation Psycopg2)
- cd ~/www/usershub/ ; rm -fR venv ; ./install_app.sh
- sudo chmod o-x /usr/bin/gcc
- sudo supervisorctl status usershub

TaxHub

v1.7.3 --> v1.9.4 (feat/sinp)

Sur "web-srv" :
- Suivre les étapes de l'installation de TaxHub sur une branche hors releases
- sudo supervisorctl stop taxhub
- sudo rm /etc/supervisor/conf.d/taxhub-service.conf
- Passage à Systemd et surcouchage du service, voir la section dédiée dans la mise à jour de GeoNature.
- sudo aptitude install python3-venv
- cd ~/taxhub
- mv config.py apptax/
- Modifier le fichier apptax/config.py ainsi :
  - Supprimer les lignes :
```
# File
import os
BASE_DIR = os.path.abspath(os.path.dirname(__file__))
```
  - Remplacer le paramètre UPLOAD_FOLDER = 'static/medias' par UPLOAD_FOLDER = 'medias'
- Lancer la mise à jour de l'application : ./install_app.sh
- Corriger le chemin vers TaxHub dans le fichier : vi /etc/systemd/system/taxhub.service
- Passage à TaxRef v15 :
  - cd ~/www/taxhub/
  - source venv/bin/activate
  - export FLASK_APP=apptax/app.py
  - flask taxref_migration import_taxref_v15
  - wget https://raw.githubusercontent.com/cbn-alpin/sinp-paca-data/master/taxref/v15/sql/2.1_taxref_changes_corrections_pre_detections.sql -O apptax/migrations/data/migrate_taxref_version/2.1_taxref_changes_corrections_pre_detections.sql
  - wget https://raw.githubusercontent.com/cbn-alpin/sinp-paca-data/master/taxref/v15/sql/2.2_taxref_changes_corrections_post_detections.sql -O apptax/migrations/data/migrate_taxref_version/2.2_taxref_changes_corrections_post_detections.sql
  - flask taxref_migration apply_changes --script_predetection /home/geonat/www/taxhub/apptax/migrations/data/migrate_taxref_version/2.1_taxref_changes_corrections_pre_detections.sql --script_postdetection /home/geonat/www/taxhub/apptax/migrations/data/migrate_taxref_version/2.2_taxref_changes_corrections_post_detections.sql
  - Retourner dans GeoNature pour estampiller la base avec la revision correspondant à la mise à jour TaxRef v15 : geonature db stamp ad35a3bf85c2
Sur "db-srv" :
- cd ~/www/taxhub_feat-sinp_v1.9.4-0580563/
- sudo -u postgres -s psql -d geonature2db -c 'CREATE EXTENSION IF NOT EXISTS "unaccent";'
- psql -h localhost -U geonatadmin -d geonature2db -f "data/update1.7.3to1.8.0.sql"
- cd data/scripts/update_taxref/
- sudo ls
- ./import_taxref_v13_data.sh
- wget https://raw.githubusercontent.com/cbn-alpin/sinp-paca-data/master/taxref/v13/data/sql/2.1_taxref_changes_corrections_pre_detections.sql -O scripts/2.1_taxref_changes_corrections_pre_detections.sql
- wget https://raw.githubusercontent.com/cbn-alpin/sinp-paca-data/master/taxref/v13/data/sql/2.2_taxref_changes_corrections_post_detections.sql -O scripts/2.2_taxref_changes_corrections_post_detections.sql
- wget https://raw.githubusercontent.com/cbn-alpin/sinp-paca-data/master/taxref/v13/data/sql/4.3_restore_local_constraints.sql -O scripts/4.3_restore_local_constraints.sql
- ./apply_changes.sh 13
- ./clean_db.sh
- sudo ls
- ./import_taxref_v14.sh
- wget https://raw.githubusercontent.com/cbn-alpin/sinp-paca-data/master/taxref/v14/data/sql/2.1_taxref_changes_corrections_pre_detections.sql -O scripts/2.1_taxref_changes_corrections_pre_detections.sql
- wget https://raw.githubusercontent.com/cbn-alpin/sinp-paca-data/master/taxref/v14/data/sql/2.2_taxref_changes_corrections_post_detections.sql -O scripts/2.2_taxref_changes_corrections_post_detections.sql
- wget https://raw.githubusercontent.com/cbn-alpin/sinp-paca-data/master/taxref/v14/data/sql/4.3_restore_local_constraints.sql -O scripts/4.3_restore_local_constraints.sql
- ./apply_changes.sh 14
- ./clean_db.sh
- Mise à jour de GeoNature en version v2.7.5 puis 2.10.0.dev0
- La mise à jour de la base doit passer par la commande geonature via Alembic. Il est donc nécessaire de mettre à jour GeoNature en v2.10.0.dev0.
  - Généralement utilisé : geonature db upgrade taxonomie@head

v1.6.3 --> v1.7.3

Sur "db-srv" :
- sudo psql -h localhost -U geonatadmin -d geonature2db -f ~/taxhub/data/update1.6.3to1.6.4.sql
- vi ~/www/taxhub/static/app/constants.js ⇒ supprimer la ligne contenant id_application.
- sudo psql -h localhost -U geonatadmin -d geonature2db -f ~/taxhub/data/update1.6.5to1.7.0.sql
- sudo psql -h localhost -U geonatadmin -d geonature2db -f ~/taxhub/data/update1.7.1to1.7.2.sql
Sur "web-srv" :
- vi ~/www/taxhub/static/app/constants.js ⇒ supprimer la ligne contenant id_application.
- sudo chmod o+x /usr/bin/gcc : réactiver GCC le temps de l'install du venv Python (⇒ compilation Psycopg2)
- cd ~/www/taxhub/ ; rm -fR venv ; ./install_app.sh
- sudo chmod o-x /usr/bin/gcc
- sudo supervisorctl status taxhub

GeoNature Atlas

Voir Mise à jour de GeoNature Altas