Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- database:sinp-paca:import-donnees [2021/03/04 09:51] – créée jpmilcent
+++ database:sinp-paca:import-donnees [2022/03/25 11:46] (Version actuelle) – [Récupération en local du dépôt "data" et transfert sur le serveur] jpmilcent
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 ===== Récupération en local du dépôt "data" et transfert sur le serveur =====
   * En local, sur votre machine, récupérer le dépôt Github "[[https://github.com/cbn-alpin/sinp-paca-data|sinp-paca-data]]" : ''git clone git@github.com:cbn-alpin/sinp-paca-data.git''
-  * Suivre les éventuelles étapes indiquées dans les fichiers [[https://github.com/cbn-alpin/sinp-paca-data/blob/master/cbna/README.md|README.md (CBNA)]] et [[https://github.com/cbn-alpin/sinp-paca-data/blob/master/cenpaca/README.md|README.md (CEN-PACA)]]
+  * Suivre les éventuelles étapes indiquées dans les fichiers [[https://github.com/cbn-alpin/sinp-paca-data/blob/master/cbna/README.md|README.md (CBNA)]], [[https://github.com/cbn-alpin/sinp-paca-data/blob/master/cbnmed/README.md|README.md (CBNMED)]] et [[https://github.com/cbn-alpin/sinp-paca-data/blob/master/cenpaca/README.md|README.md (CEN-PACA)]]
   * **ATTENTION** : sur le serveur, sauvegarder le dossier "data" : voir ci-dessous
   * Se placer à la racine du dossier //sinp-paca-data//
-  * Transférer les scripts : ''<nowiki> rsync -av --copy-unsafe-links --exclude var --exclude .git --exclude .editorconfig --exclude .vscode --exclude .gitignore --exclude settings.ini --exclude "data/raw/*" --exclude venv --exclude .venv --exclude "import-parser/data/*" ./ geonat@db-paca-sinp:~/data/ --dry-run </nowiki>''
+  * Transférer les scripts : ''<nowiki> rsync -av --copy-unsafe-links --exclude var --exclude .git --exclude .gitattributes --exclude .gitmodules --exclude .editorconfig --exclude .vscode --exclude .gitignore --exclude settings.ini --exclude "data/raw/*" --exclude venv --exclude .venv --exclude "import-parser/data/*" ./ geonat@db-paca-sinp:~/data/ --dry-run </nowiki>''
     * Supprimer l'option ''<nowiki> --dry-run </nowiki>'' si tout semble ok pour effectuer le transfert réel
   * Se connecter au serveur
     * Créer les fichiers //settings.ini// à partir des fichiers //settings.sample.ini// pour : //area//, //cbna-cbnmed//, //cenpaca// et //shared//
-    * Préparer l'environnement du script //import-parser// en suivant les indications du fichier [[https://github.com/cbn-alpin/sinp-paca-data/blob/master/import-parser/README.md|README.md (import-parser)]]
+    * Préparer l'environnement du script //import-parser// en suivant les indications du fichier [[https://github.com/cbn-alpin/geonature-import-parser/|README.md (import-parser)]]
       * **Notes** : il est nécessaire de redonner les droits d'execution à GCC pour tout le monde si l'on veut pouvoir installer correctement le venv avec ''sudo chmod o+x /usr/bin/gcc''. Une fois l'installation terminée, retirer les à nouveau avec  '' chmod o-x /usr/bin/gcc ''.
   * **Notes** : les données brutes nécessaires aux scripts sont automatiquement téléchargées depuis Dropbox
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   * Recréer le dossier "data" vide : '' mkdir data ''
+===== Modifier les vues d'exports =====
+  * Il est nécessaire d'ajouter les colonnes : ''id_nomenclature_sensitivity'' et ''id_nomenclature_diffusion_level''
+  * Nous gardons dans la vue uniquement les colonnes exportées.
+  * Vue '' gn_synthese.v_synthese_for_export '' : <code sql>
+CREATE OR REPLACE VIEW gn_synthese.v_synthese_for_export
+AS SELECT s.id_synthese,
+    s.unique_id_sinp AS uuid_perm_sinp,
+    s.unique_id_sinp_grp AS uuid_perm_grp_sinp,
+    af.acquisition_framework_name AS ca_nom,
+    d.id_dataset AS jdd_id,
+    d.unique_dataset_id AS jdd_uuid,
+    d.dataset_name AS jdd_nom,
+    n21.label_default AS niveau_validation,
+    s.validator AS validateur,
+    s.observers AS observateurs,
+    t.cd_ref,
+    t.nom_valide,
+    s.count_min AS nombre_min,
+    s.count_max AS nombre_max,
+    s.date_min::date AS date_debut,
+    s.date_max::date AS date_fin,
+    st_asgeojson(s.the_geom_4326) AS geojson_4326,
+    st_asgeojson(s.the_geom_local) AS geojson_local,
+    s."precision" AS precision_geographique,
+    n9.label_default AS niveau_precision_diffusion,
+    s.id_digitiser,
+    s.id_nomenclature_sensitivity,
+    s.id_nomenclature_diffusion_level
+FROM gn_synthese.synthese s
+     JOIN taxonomie.taxref t ON t.cd_nom = s.cd_nom
+     JOIN gn_meta.t_datasets d ON d.id_dataset = s.id_dataset
+     JOIN gn_meta.t_acquisition_frameworks af ON d.id_acquisition_framework = af.id_acquisition_framework
+     LEFT JOIN ref_nomenclatures.t_nomenclatures n9 ON s.id_nomenclature_diffusion_level = n9.id_nomenclature
+     LEFT JOIN ref_nomenclatures.t_nomenclatures n21 ON s.id_nomenclature_valid_status = n21.id_nomenclature ;
+</code>
+  * Vue '' gn_synthese.v_synthese_taxon_for_export_view '' : <code sql>
+CREATE OR REPLACE VIEW gn_synthese.v_synthese_taxon_for_export_view
+AS WITH s AS (SELECT DISTINCT cd_nom FROM gn_synthese.synthese )
+	SELECT
+		ref.nom_valide,
+		ref.cd_ref,
+		ref.nom_vern,
+		ref.group1_inpn,
+		ref.group2_inpn,
+		ref.regne,
+		ref.phylum,
+		ref.classe,
+		ref.ordre,
+		ref.famille,
+		ref.id_rang
+	FROM s
+		JOIN taxonomie.taxref t ON s.cd_nom = t.cd_nom
+		JOIN taxonomie.taxref ref ON t.cd_ref = ref.cd_nom;
+</code>
 ===== Ajout/Correction du référentiel géographique dans la base de données GeoNature =====
 Il est nécessaire d'ajouter dans le référentiel géographique de GeoNature le contour du territoire du SINP.
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 WHERE type_code = 'COM';</code>
+===== Corrections diverses sur la base =====
+  * Corriger les droits de certaines tables attribuée //postgres// :
+    * Se connecter à //psql// : ''sudo -u postgres psql''
+    * Sélectionner la base //geonature2db// avec : ''\c geonature2db''
+    * Exécuter les requêtes suivantes : <code sql>
+ALTER TABLE taxonomie.taxref_bdc_statut OWNER TO geonatadmin;
+ALTER TABLE taxonomie.taxref_bdc_statut_type OWNER TO geonatadmin;
+</code>
+    * Quitter //psql// avec : ''\q''
+  * Ajout d'un index sur le champs ''observers'' de la table ''gn_synthese.synthese'' : <code sql>
+CREATE INDEX i_synthese_observers ON gn_synthese.synthese USING btree (observers)
+</code>
 ===== Import des données "cen-paca" au format d'échange dans GeoNature module Synthèse =====
   * Se connecter au serveur "db" en tant qu'admin : ''ssh geonat@db-paca-sinp''
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   * Suivre la démarche décrite dans [[serveurs:installation:web-srv:geonature-atlas-mise-a-jour#procedure_de_mise_a_jour_des_donnees|la documentation de gestion des serveurs]]
+===== Configuration des permissions =====
+  * Via UsersHub, changer le nom du groupe "Grp_en_poste" pour "Grp_utilisateurs"
+  * Via GeoNature, module "Admin" > "Permissions", modifier les permissions par défaut comme suit :
+    * Pour le groupe "Grp_Utilisateurs"
+      * Pour le module "GeoNature" :
+        * Lire les données => Appartenance : "**De tout le monde**"
+        * Exporter les données => Appartenance : "**De tout le monde**"
+      * Pour le module "Métadonnées" :
+        * Lire les données => Appartenance : "**De tout le monde**"
+      * Pour le module "Synthese (= Observations)" :
+        * Lire les données => Appartenance : "**De tout le monde**" & Précision : "**Floutée**"
+        * Exporter les données => Appartenance : "**De tout le monde**" & Précision : "**Floutée**"
+    * Pour le groupe "Grp_admins" :
+      * Pour le module "Synthese (= Observations)" :
+        * Lire les données => Précision : "**Exacte**"
+        * Exporter les données => Précision : "**Exacte**"