Import des données SINP-PACA pour GeoNature et l'Atlas

Ceci est une ancienne révision du document !

Cette manipulation est dangereuse car elle supprime tout le contenu de la base de données de GeoNature !

Suivre les étapes de mise à jour d'une installation de GeoNature, au niveau de l'intervention sur "db-srv" suivre ceci:
- Sur l'instance "db-srv" connecté en tant que "geonat", suivre les étapes suivantes
- Mettre à true le paramètre drop_apps_db du fichier ~/geonature/config/settings.ini.
- Se placer dans le dossier ~/geonature/install/ avec la commande : cd ~/geonature/install/
- Lancer une session détachable car la manipulation peut être longue et une perte de connexion SSH possible : screen -S install-db
- Lancer le script d'installation de la base de données de GeoNature : ./install_db.sh
- Voir ci-dessous les commandes à utiliser pour quitter puis se reconnecter à une session "Screen"
- Vérifier l’absence d'erreurs de l'installation dans le fichier ~/geonature/var/log/install_db.log
- ATTENTION : remettre à false le paramètre drop_apps_db du fichier ~/geonature/config/settings.ini !

En local, sur votre machine, récupérer le dépôt Github "sinp-paca-data" : git clone git@github.com:cbn-alpin/sinp-paca-data.git
Suivre les éventuelles étapes indiquées dans les fichiers README.md (CBNA) et README.md (CEN-PACA)
ATTENTION : sur le serveur, sauvegarder le dossier "data" : voir ci-dessous
Se placer à la racine du dossier sinp-paca-data
Transférer les scripts : rsync -av --copy-unsafe-links --exclude var --exclude .git --exclude .editorconfig --exclude .vscode --exclude .gitignore --exclude settings.ini --exclude "data/raw/*" --exclude venv --exclude .venv --exclude "import-parser/data/*" ./ geonat@db-paca-sinp:~/data/ --dry-run
- Supprimer l'option --dry-run si tout semble ok pour effectuer le transfert réel
Se connecter au serveur
- Créer les fichiers settings.ini à partir des fichiers settings.sample.ini pour : area, cbna-cbnmed, cenpaca et shared
- Préparer l'environnement du script import-parser en suivant les indications du fichier README.md (import-parser)
  - Notes : il est nécessaire de redonner les droits d'execution à GCC pour tout le monde si l'on veut pouvoir installer correctement le venv avec sudo chmod o+x /usr/bin/gcc. Une fois l'installation terminée, retirer les à nouveau avec chmod o-x /usr/bin/gcc .
Notes : les données brutes nécessaires aux scripts sont automatiquement téléchargées depuis Dropbox

Se connecter à l'utilisateur "admin" sur le serveur : ssh geonat@db-paca-sinp
Créer le dossier de sauvegarde : mkdir -p backups/data
Sauvegarder le dossier "data" : mv data backups/data/$(date +%F)
Recréer le dossier "data" vide : mkdir data

Le script d'import peut prendre plusieurs heures pour s'éxecuter. Afin de pouvoir revenir sur l'état du script, nous allons utiliser la commande screen. Elle permet de créer un session qui peut être récupéré à tout moment.
Principe générale d'utilisation de Screen :
1. Pour lancer une nouvelle session : screen -S <nom-de-la-session>
2. Lancer la commande/script désiré
3. Utiliser les séquences de touches suivante pour se détacher de la session : Ctrl-a + Ctrl-d
4. Pour voir la liste des sessions en cours : screen -ls
  1. Le numéro de session correspond au nombre présent devant ".pts-0"
5. Pour se connecter à nouveau à une session : screen -r <numero-session>
Autres commandes :
- Détacher une session toujours attaché pour s'y attacher à nouveau : screen -D <numero-session>.<nom-session>
- Quitter et supprimer une session en cours : CTRL+a et :quit

Il est nécessaire d'ajouter dans le référentiel géographique de GeoNature le contour du territoire du SINP. Pour ce faire, nous allons utiliser le script area du dépôt "data" :

Se connecter au serveur "db" en tant qu'admin : ssh geonat@db-paca-sinp
Se placer dans le dossier ~/data/area/ de l'utilisateur geonat : cd ~/data/area
Créer le fichier de configuration : cp config/settings.sample.ini config/settings.ini
Modifier le fichier settings.ini en fonction de l'installation locale : vi config/settings.ini
Lancer une session détachable : screen -S import-area
Lancer le script : cd bin/ ; ./initialize.sh -v
Voir ci-dessus les commandes à utiliser pour quitter puis se reconnecter à une session
Vérifier l’absence d'erreurs dans la session et vérifier le contenu de la base de données

Se connecter au serveur "db" en tant qu'admin : ssh geonat@db-paca-sinp
Se placer dans le dossier ~/data/cenpaca/ de l'utilisateur geonat : cd ~/data/cenpaca
Créer le fichier de configuration : cp config/settings.sample.ini config/settings.ini
Modifier le fichier settings.ini en fonction de l'installation locale : vi config/settings.ini
Lancer une session détachable : screen -S import-cenpaca
Lancer le script : cd bin/ ; ./import_initial.sh -v
Voir ci-dessus les commandes à utiliser pour quitter puis se reconnecter à une session
Vérifier l’absence d'erreurs dans la session et vérifier le contenu de la base de données

Se connecter au serveur "db" en tant qu'admin : ssh geonat@db-paca-sinp
Se placer dans le dossier ~/data/cbna-cbnmed/ de l'utilisateur geonat : cd ~/data/cbna-cbnmed
Créer le fichier de configuration : cp config/settings.sample.ini config/settings.ini
Modifier le fichier settings.ini en fonction de l'installation locale : vi config/settings.ini
Lancer une session détachable : screen -S import-cbna-cbnmed
Lancer le script : cd bin/ ; ./import_initial.sh -v
Voir ci-dessus les commandes à utiliser pour quitter puis se reconnecter à une session
Vérifier l’absence d'erreurs dans la session et vérifier le contenu de la base de données